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#softwareheritage

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Public
Ludovic Courtès

Yesterday @rougier and I gave an informal #ReproducibleResearch workshop at Inria with ~20 scientists, half of whom working in HPC, the rest of them working on user interfaces, computer graphics, number theory, and robotics—very insightful to see how each community approaches these issues.

@rougier had excellent examples to get the discussion started. I followed up on computational reproducibility with #HPC examples and a touch of #Guix and #SoftwareHeritage:
gitlab.inria.fr/lcourtes/ateli

GitLabLudovic Courtès / Atelier recherche reproductible · GitLabGitlab at Inria
Public
Simon Tournier

Blog post: What Guix could offer in computational medical environments?

French national agency for secure drug and medicine (ANSM) requires for a medical device to have unambiguous identifications:

1. reference of the product
2. reference of the maker
3. serial number

Well, through my lenses applied to software, it reads:

1. #SoftwareHeritage identifier (#SWHID)
2. #Guix

and 3. is redundant. 😁

Well, a quick summary of a 30min talk I gave past week.

Thanks my previous colleague Sam from APHP to give me the opportunity to brainstorm on this topic. 🤩

simon.tournier.info/posts/2025

simon.tournier.infoWhat Guix could offer in computational medical environments?
#ReproducibleResearch#OpenScience#Debian
Public
Simon Tournier

Asking for news from a colleague now in Univ. of Tours – long time, no see.

Nicolas pointed me a recent publication where… guess what? … they archived the source code in #SoftwareHeritage.

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/394876

Section « Open Research, data availability statement » reads:

« Anonymized raw data, the source code of the analyses, instructions to reproduce the computing environment, unformatted analysis reports and figures are available online (gitlab.com/nivall/car-lacates) and long term preserved at Software Heritage (archive.softwareheritage.org/s). »

And guess what else? The computational environment is managed using #Guix.

It makes my day! 😎

I’m happy to see #Guix and #SoftwarHeritage mentioned in the European Journal Of Clinical Investigation.

PubMedGlycolytic activity following anti-CD19 CAR-T cell infusion in non-Hodgkin lymphoma - PubMedEnergy metabolism of chimeric antigen receptor-T cells (CAR-T) activation in humans remains unexplored. As a glycolytic activity surrogate, we investigated the dynamics of peripheral blood (PB) lactate in the first weeks post-CAR-T infusion. In 17 patients treated with CD28 harbording anti-CD19 CAR- …
#ReproducibleResearch#OpenScience#EuropeanJournalOfClinicalInvestigation
Public
Open Science Pasteur

Le catalogue des #LogicielsLibres de l'#ESR est disponible depuis mi-avril en version bêta 👉 logiciels.catalogue-esr.fr/

🔅 Une belle façon de mettre en lumière les logiciels développés dans la recherche académique française ! 🔆

💡 Pour que votre logiciel soit référencé dans ce catalogue : archivez votre code dans #SoftwareHeritage et déposez-le dans #HAL !

@ouvrirlascience #OpenSource #ResearchSoftware #ScienceOuverte

logiciels.catalogue-esr.frSocle Interministériel des Logiciels LibresCatalogue de référence de logiciels libres recommandés pour l'ensemble de l'administration.
Public
Simon Tournier

« The integration of #Guix and #SoftwareHeritage paves the way for more transparency and verification of the whole computational environment involved in scientific research.

Scientific production should be robust to external service failures; for example, being able to audit or reuse scientific findings should not depend on the availability of platforms hosting source code.

That’s why backing package managers with Software Heritage appears vitally important. »

Thanks @swheritage for the spotlight! 😀

softwareheritage.org/2025/05/2

Software Heritage · How Software Heritage ensures reliable Guix deployment - Software HeritageLearn how to ensure your research remains reproducible for years to come with Software Heritage and Guix...
#ReproducibleResearch#OpenScience
Public
Simon Tournier

« Réfléchissons collectivement à la lourde tâche d'archivage de certains savoirs spécifiques. Je pense aux travaux aussi de #SoftwareHeritage, qui, en France, archive l'ensemble des logiciels créés dans le monde, avec une initiative européenne à construire sur le sujet. Je souhaite, au-delà de la question de notre capacité, à attirer chercheurs, enseignants-chercheurs, que nous ayons aussi une capacité à préserver, consolider, attirer plateformes de collaboration et données au service de l'intérêt général. »

Bravo @swheritage !

(peu importe ce qu’il y a avant et après ce petit passage 😀)

elysee.fr/emmanuel-macron/2025

#ReproducibleResearch #OpenScience

1/3

elysee.fr · Lancement de « Choose Europe for Science » à La Sorbonne.Par Elysee
Public
Giacomo Tesio
@ekaitz_zarraga@mastodon.social

Indeed if you were leading #Guix, I'd likely be a user and contributor (I think you know I have the technical skills required).

And I also know other people working there, people I respect despite not being always aligned with their opinion (for example I had a long debate with a friend that work on Guix a few months ago about the right to be mentioned with the preferred name by a transitioned trans developer whose code was archived with their dead-name and #SoftwareHeritage was refusing to update. I think hackers have the right to be named as they wish in their works and no script, tool or hash chain matter more than this right).

Yet there's a huge difference between a technical or even philosophical argument and a (politically motivated) personal attack in form of a shitstorm.

Courtès might even be the best #scheme hacker out there, with a solid architectural vision of how to make #linux more reliable.

But I chose free software for political goals that he actively damaged with that attack to RMS.
Public *
pvergain (framapiaf)

bioinfo-fr.net/software-herita

par bioinfo-fr.net/author/pierre-p, @pierrepo

--------------------------<----------------
Comment archiver un code source logiciel ?

Rendez vous sur : archive.softwareheritage.org/save

- Renseignez le gestionnaire de version utilisé

- Copiez l’adresse du dépôt (le lien GitHub, GitLab, etc.)

- Cliquez sur le bouton « Submit »
------------------------------->------------

Bioinfo-fr.net · Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels - Bioinfo-fr.netDans cet article, je vous pro­pose de décou­vrir Soft­ware Heri­tage, l’archive uni­ver­selle dédiée à la col­lecte, la pré­ser­va­tion et le par­tage des codes sources logi­ciels. En 2021, je suis deve­nu ambas­sa­deur pour Soft­ware Heri­tage, c’est-à-dire repré­sen­tant de la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique, dans l’infrastructure Soft­ware Heri­tage. Pourquoi archiver son code source ? Aujourd’hui, les scien­ti­fiques uti­lisent très sou­vent des […]
#SoftwareHeritage
Public
Bioinfo-fr.net

📰 @pierrepo , ambas­sa­deur pour @swheritage nous présente l’archive uni­ver­selle dédiée à la col­lecte, la pré­ser­va­tion et le par­tage des codes sources logi­ciels 🖥️ 🔓 ♾️
bioinfo-fr.net/software-herita
#softwareheritage #opensource #bioinfofr

Bioinfo-fr.net · Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels - Bioinfo-fr.netDans cet article, je vous pro­pose de décou­vrir Soft­ware Heri­tage, l’archive uni­ver­selle dédiée à la col­lecte, la pré­ser­va­tion et le par­tage des codes sources logi­ciels. En 2021, je suis deve­nu ambas­sa­deur pour Soft­ware Heri­tage, c’est-à-dire repré­sen­tant de la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique, dans l’infrastructure Soft­ware Heri­tage. Pourquoi archiver son code source ? Aujourd’hui, les scien­ti­fiques uti­lisent très sou­vent des […]
Public
Science ouverte UnivRennes

Nouveauté dans #HAL, une fenêtre facilite l'ajout d'un lien entre la publication et les ressources adjacentes : données entreposées dans #Nakala ou #RechercheDataGouv, code source archivé dans #SoftwareHeritage ou ressources provenant d'autres entrepôts qui attribuent un DOI à leurs objets. #HALiance ccsd.cnrs.fr/2025/02/valoriser

description du popup qui permet de lier une publication à une ressource adjacente. Le menu descendant "entrepôt" mentionne les sources possibles : HAL, Nakala, RechercheDataGouv, Softwareheritage ou encore d'autres entrepôts qui attribuent des DOI à leurs objets
Public
Simon Tournier

☕ break? #Guix #HPC activity report is out! 🎉

Check it out:

hpc.guix.info/blog/2025/02/gui

The seventh report, time flies! Highlight of key achievements:

• More than 57,000 packages, Guix + related channels for scientific packages;
• Performance and portability: more about MPI;
• ROCm/HIP software stack for AMD GPUs upgrades;
• Migration of Guix-Science channel to Codeberg;
• New version of Guix-Jupyter;
• Common Workflow Language #CWL + Guix = ❤️ : ccwl and ravanan;
• Ensuring Source Code Availability: #SoftwareHeritage rescue mode;
• Re-Deploying Software from the Past;
• Supporting Artifact Evaluation at SuperComputing 2024;
• “Package to Container image” conversion pipeline, #DIAMOND and #DIADEM;
• Digital Electronics Design;
• Reproducible Multiphysics Simulation and Workflows;
• Impact of Hardware Variability;
• Toward Guix on French Tier-1 and EuroHPC Tier-0 machines;
• Pangenome Genetics Research
• Supporting RISC-V
• List of articles, talks, tutorials, events, training sessions.
• … and more…

What a year, isn’t it? 😀

hpc.guix.infoGuix-HPC — Guix-HPC Activity Report, 2024
#ReproducibleResearch#OpenScience
Public
Simon Tournier

The video of my talk about #Guix and @swheritage at #FOSDEM25 is released!

The conclusion is:

• Cite and reference source code using #SoftwareHeritage identifier;

• Use Guix!

Packed in 20 minutes, check out the arguments.

Feel free to raise your questions. 😀

fosdem.org/2025/schedule/event

Thanks @FosdemResearch for the organization of this devroom.

fosdem.orgFOSDEM 2025 - Guix + Software Heritage: Source Code Archiving to the Rescue of Reproducible Deployment
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